Okres Heian rozpoczął się w 794 roku od przeniesienia stolicy. Dawną, Narę, opuszczono w roku 784. Cesarz Yamabe (pośmiertnie Kammu) prawdopodobnie chciał się oderwać, od mającego bardzo duże wpływy w Narze, kleru buddyjskiego. Pierwotnie nowa stolica miała powstać w Nagaoce. Jednakże miasto to stało się w trakcie budowy świadkiem jednego z dramatów w rodzinie cesarskiej. Tsuguhito, stronnik młodszego brata cesarskiego księcia Sawary, zabił Fujiwarę Tanetsugu, kierownika robót nowego miasta stołecznego. Zabójcę ukarano śmiercią, a jego patrona Sawarę wygnano i prawdopodobnie, podczas banicji zabito. Historia, jakich często doświadczał cesarski ród Japonii. Tyle, że książę Sawara, mimo iż martwy, nie ustąpił. Linię cesarską zaczęło prześladować nieszczęście. Dlatego też zapadła decyzja o opuszczeniu Nagaoki i budowie nowego miasta Heian (które paręset lat później, zaczęto nazywać po prostu Stolicą, po japońsku Kyoto). Jednakże nawet to nie pomogło. By ułagodzić więc ducha zmarłego księcia, pośmiertnie nadano mu tytuł cesarski i osadzono na tronie pod imieniem Sudo tenno.

Heian to rządy Fujiwarów. Narzucili oni niezwykle, jak się okazało, skuteczny system kontroli państwa i rodziny cesarskiej, poprzez narzucanie władcom żon i konkubin ze swojej rodziny. Drugą, często stosowaną zasadą, było osadzanie na tronie władców małoletnich. Fujiwarowie intronizowali kilkuletniego Syna Niebios przydając mu do babińca kilka nieco starszych dziewczyn. Po paru latach któraś z nich zachodziła w ciążę i rodziła nowego władcę, a ten dotychczasowy - był odsuwany. Cesarze mający po kilka, kilkanaście lat nie tylko nie mieli możliwości organizowania swojego stronnictwa, ale też po prostu nawet niekiedy nie chcieli. Wielu z nich zresztą było chorych na umyśle, co wynikło zapewne z powikłań genetycznych - rezultatu stałych ożenków z kobietami z tej samej rodziny.

Popatrzmy na takiego Fujiwarę Michinagę, żyjącego na przełomie wieków X i XI. Przed nim jego rodzina od ponad stu lat rządziła Japonią, a jej głowa otrzymywała zazwyczaj tytuł regenta (sessho) lub kanclerza (kampaku). Stąd nawet nazywano ten okres sekkan - seiji ("rządy regentów i kanclerzy"). Od strony matki wszyscy cesarze należeli do jego najbliższych krewnych, cesarskie żony to siostry i kuzynki. Aż 5 swoich córek wydał za cesarzy (z tego zdarzyło się, że aż 3 na raz nosiły tytuł cesarzowych), 5-iu synów zajmowało najwyższe stanowiska dworskie do sessho i kampaku włącznie, 3-ech wnuków zasiadało w latach 1016-1068 na tronie. Do tego dodajmy największy majątek w kraju, stale pomnażany przez nadania i podarunki oraz wsparcie wojskowego rodu Minamoto i będziemy mieli najpotężniejszą osobistość Japonii danej epoki. Być może właśnie on był pierwowzorem postaci księcia Genji, głównego bohatera arcydzieła literackiego "Genji - monogatari" ("Opowieść o księciu Genji") autorstwa damy dworu Murasaki Shikibu.

Michinaga nawet nie sprawował przez cały czas swojej dyktatury najwyższych urzędów. Często, oficjalnie, był nikim. To kolejny dowód, że urzędy dworskie powoli traciły na znaczeniu. A nie minęło 150 lat od śmierci Michinagi w 1027 roku, gdy owe tytuły nie znaczyły już nic. Były wyłącznie ozdobą dworzan nie niosącą ze sobą kompletnie żadnej realnej władzy. Nie mniej pozostała tradycja, która dawała monopol Fujiwarom (a dokładnie 5-iu pniom rodu Fujiwarów: Takatsukasa, Konoe, Kujo, Nijo, Ichijo) na tytuły regenta i kanclerza. Nawet dyktator Hideyoshi w XVI wieku chcąc uzyskać tytuł kampaku musiał być zaadoptowany przez Fujiwarów. 3-krotny premier (a przy okazji zbrodniarz wojenny z II wojny światowej) książę Konoe Fumimaro był nazywany "ostatnim z Fujiwarów".

Cała Japonia, w zasadzie należała do cesarza. Jednakże, w przełożeniu na finanse, nie miało to jakiegokolwiek znaczenia. Dochody cesarza pochodziły z kasy państwa i były ustalane przez osobę, która aktualnie sprawowała faktyczne rządy. Dawało to dużą władzę nad panującym, stąd co energiczniejsi cesarze, próbowali uzyskać lenna podległe bezpośrednio sobie. Były to tak zwane chokushiden ("pola na mocy edyktu cesarskiego"). Początkowo nie były one duże, lecz zapewniały dodatkowe stałe dochody. Wraz ze wzrostem majątków (shoenów) znajdujących się w posiadaniu rodziny cesarskiej, jej pozycja zaczęła znów rosnąć, by osiągnąć apogeum w drugiej połowie XI i początkach XII wieku. Okres ten, to tzw. "rządy ex-cesarzy" (insei). Dwór zdominowali Fujiwarowie, cóż więc prostszego niż rezygnacja z dworu, stworzenie osobnego ośrodka władzy na prowincji z dala od potężnego rodu? Ponadto, jak widać na przedstawionym wcześniej przykładzie Michinagi, tak naprawdę, dwór nie był już realnym ośrodkiem władzy. Błąd Fujiwarów stanowiło to, że nie dostrzegli oni tego zjawiska na czas. Pozostając na dworze trwonili energię na bezsensowne intrygi i spory o nic nie warte stanowiska. Tracili zaś powoli pozycję najmożniejszego rodu w państwie. Tymczasem ex-cesarze zajmowali się gromadzeniem dóbr. Ich autorytet przyciągał ludzi, a brak konieczności przestrzegania sztywnych dworskich reguł powodował, że w ich otoczeniu doradcami stawali się fachowcy, a nie osobnicy dobrze urodzeni. Ex-cesarze potrafili zapewniać swoim klientom godziwe zyski materialne i polityczne, a do ich najbliższych sojuszników należał wielki wojskowy ród Tairów, który wraz z Minamotami miał się wkrótce zetrzeć w kolejnej rundzie walki o władzę.

Minamoto i Taira były w rzeczywistości bocznymi liniami cesarskimi. Książętom, dla których nie starczało posad na dworze, nadawano nazwiska jak wyżej i wysyłano, w charakterze gubernatorów na prowincje. Było to zjawisko wielopokoleniowe, stąd ani Tairowie, ani Minamotowie nie stanowili rodu, w rozumieniu pochodzenia od jednego konkretnego przodka. Obydwa rody należały do kręgu wojowników. Choć przedstawicielom Minamotów pozostających zawsze w sojuszu z Fujiwarami, niekiedy udawało się zajmować wysokie pozycje urzędnicze to byli, jako nie dworzanie, traktowani z góry przez arystokrację stolicy. Ich siłę, tak jak i siłę Tairów, stanowiły tysiące oddanych wojowników. Póki zależało im na dworskich splendorach i przypuszczali, że wejście do owej arystokratycznej elity może przynieść im konkretne korzyści, starali się przypodobać stołecznej arystokracji. Kiedy jednak zostali odrzuceni, a przy tym ujrzeli, że piękno dworu jest jedynie fasadą nic nie znaczącego teatru, sami postanowili przejąć rządy. W XII wieku, podczas morderczej wojny, najpierw Tairowie niemal wytępili Minamoto, a później nastąpił srogi rewanż. A jak miała się wtedy władza cesarska? Dokładnie nijak. Cesarze i osłabieni wojną ex-cesarze, wydawali dekrety zgodne z życzeniem tych, którzy w aktualnym czasie obsadzali wojskiem stolicę. Osobą, którą chyba najczęściej ogłaszano buntownikiem, był Minamoto Yoritomo. Oczywiście za każdym razem, gdy on uzyskiwał przewagę, dekrety anulowano, a skazywano na banicję jego wrogów. Rzecz jasna ani on, ani przeciwnicy, nic sobie z owych dekretów nie robili. Ostatecznie Tairowie zostali zniszczeni w bitwie morskiej w cieśninie pomiędzy Kiusiu i Honsiu (kwiecień 1185). Na pokładzie jednego ze statków Tairów zginął siedmioletni cesarz Kotohito (pośmiertnie Antoku) i zatonęły regalia, które według legend przed wiekami podarowała sama Amaterasu Ninigiemu wysyłając go z niebios na podbój Japonii.

Po rozgromieniu Tairów Yoritomo rozprawił się jeszcze z najbliższymi krewnymi i już jako niekwestionowany władca kraju uzyskał w 1192 roku od cesarza Takahiry (pośmiertnie Gotoba) tytuł brzmiący sei-i-tai-shogun, oznaczający "naczelnego wodza, który podbił barbarzyńców". Stało się to dopiero po śmierci ostatniego potężnego ex-cesarza Masahito, który dysponując olbrzymią bazą materialną, wpływami i autorytetem nie raz cichaczem przeciwstawiał się Yoritomo. Formę rządów, która wtedy się pojawiła, nazwano bakufu, czyli "rządy pod namiotem" (wojskowe). Z jednej strony był sektor cywilny, którym rządził cesarz. Tyle, że ów sektor dotyczył wyłącznie spraw dworskich: ceremonii, urzędów etc. Z kolei wszystkimi militarnymi sprawami zarządzał shogun, którego do niniejszej rangi wynosił cesarz, będący jego zwierzchnikiem. Taka struktura formalnie oznaczała, ze cesarz sprawuje władzę nad wszystkimi urzędami w kraju. Praktycznie zaś, czyniła z niego całkowitą marionetkę. Inna rzecz, że po śmierci Yoritomo również tytuł shoguna się zdewaluował, a prawdziwymi władcami kraju stali się przywódcy rodu Hojo. Stosunek nowych panów do cesarzy najlepiej pokazują wydarzenia z 1221 roku. Ex-cesarz Takahira ogłosił Hojo Yoshitokiego, który był ówczesnym shikkenem (regentem), buntownikiem. Bakufu błyskawicznie załatwiło tą sprawę. Trzej ex-cesarze zostali zesłani lub dobrowolnie opuścili stolicę, aktualnego cesarza zdetronizowano, a część dóbr cesarskich odebrano właścicielom i podzielono pomiędzy zwolenników bakufu.

Wydarzenia te po raz kolejny unaoczniły wszystkim, gdzie znajdują się realne ośrodki władzy. Praktycznie sytuacja taka trwała przez 650 lat, aż do rewolucji Meiji. Nie znaczy to, że w owym czasie żaden z władców nie miał nic do powiedzenia. Jednakże żaden z nich nie był monarchą absolutnym i żaden nie zdołał utrwalić swojej władzy. Do tego dochodziły poważne spory wewnątrz panującego domu, które nie pozwalały zjednoczyć się cesarskiemu rodowi w walce o rzeczywisty wpływ na rządy. Znakomicie ukazują to wydarzenia z epoki Kamakura, gdy dwie linie domu panującego toczyły w 1246 roku spór o majątki po ex-cesarzu Gosadze. Obydwie strony zwracały się oczywiście do bakufu, co podnosiło autorytet tego ostatniego, a osłabiało cesarski. Tym razem kłótnie w rodzinie panującej udało się zażegnać, ale kolejny spór, który wybuchł w 1300 roku, doprowadził do kolejnej wojny domowej. Jego przedmiotem był kompleks dóbr Muromachi. Bakufu zdecydowało o podziale ich pomiędzy linie Jimyoin (wywodzącą się od cesarza Gofukakusy), a Daikakuji (pochodzącą od cesarza Kameyamy). Jednakże wynikiem tego podziału był kolejny konflikt o koronę, gdyż do majątków cesarskich prawo miał tylko ten, kto choć na krótko, siedział na tronie. Linia pozbawiona praw koronacyjnych automatycznie w przyszłości traciła prawo do majątków dla swego potomstwa. W 1317 roku bakufu wreszcie wynegocjowało kompromis: na tronie mieli zasiadać naprzemiennie przedstawiciele dwóch zwaśnionych linii, a panowanie każdego z nich nie mogło trwać dłużej niż 10 lat. Tyle, że cesarz Kotaharu (pośmiertnie Godaigo) z linii Daikakuji, po swoim wstąpieniu na tron w 1318 roku, nie miał zamiaru go opuścić. Był to władca wybitny, znakomicie dostrzegający osłabienie bakufu po wojnach mongolskich. Dostrzegł w tym szansę dla siebie. Jednym z jego pierwszych posunięć była likwidacja instytucji insei (ex-cesarzy), w porozumieniu zresztą z ex-cesarzem Yohito (pośmiertnie Gouda), co spowodowało wzmocnienie pozycji materialnej władcy. Zaczął budować aparat administracyjny, niezależny od urzędów bakufu i tworzyć zręby stronnictwa zdolnego przeciwstawić się rodowi Hojo. Rzecz jasna, takie postępowanie nie mogło na dłuższą metę ujść uwadze bakufu. Kotaharu musiał uciekać. Jednakże zbiegł ze stolicy wraz z regaliami, które zdążył ukryć zanim go pojmano. W międzyczasie wprawdzie proklamowano wstąpienie na tron nowego władcy Kazuhito (pośmiertnie Kogon) z linii Jimyoin. Tyle, że brak regaliów czynił legalność ceremonii co najmniej wątpliwą. Stąd na uwięzionego Kotaharu wywierano nacisk, by abdykował i zdradził miejsce ukrycia symboli cesarskich. Ponieważ tego nie uczynił, zesłano go na wyspę Oki. Kotaharu w swoim przekonaniu był nadal prawowitym cesarzem, co ważne jednak, dokładnie tak samo myślała znaczna część japońskich panów, którzy aktywnie wystąpili przeciw rodowi Hojo. Jak to w okresie przejściowym, nastąpił szereg walk, zdrad, aż w końcu zdobyto Kamakurę i zakończono panowanie Hojów, choć sam ich ród nie został wytępiony i zachował pozycję feudalnych władców. Tymczasem Kotaharu zbiegł z zesłania i po rozbiciu władztwa Hojo w 1333 roku tryumfalnie wkroczył do Kyoto, rozpoczynając krótki okres odrodzenia władzy cesarskiej, nazywany restauracją Kemmu. Po zwycięstwie cesarz usiłował wcielić w życie idee władzy opartej na przewadze sektora cywilnego nad wojskowym, zachowując dla siebie prerogatywy. Wywołało to sprzeciw niektórych daimio i nowe walki. Cesarz znów musiał uciekać. Do walki kolejny raz stanęli wojownicy Hojo oraz potężny ród Ashikaga wywodzący się od Minamoto. Kraj znów był rozdarty wojną. Zaczął się trwający niemal do końca XIV wieku okres namboku - cho ("dwory północny i południowy"). Na południowym dworze w Yoshino przewinęło się w tym czasie 4-ech cesarzy następców Kotaharu, podczas gdy na północy w Kyoto panowało 5-iu osadzanych kolejno przez Ashikagów. Obydwie linie uważały się za prawowite i jednocześnie obydwie były pozbawione prawdziwej władzy, sprawowanej przez nowe bakufu pod wodzą Ashikagów. Ostatecznie w 1392 roku (na skutek podstępu Ashikagów, którzy zaproponowali najpierw system naprzemiennej intronizacji cesarzy z obydwu linii: północnej i południowej, z czego się potem wycofali) cesarz południowy Norinari (pośmiertnie Gokameyama) przekazał regalia cesarzowi północnemu Motohito (pośmiertnie Gokomatsu). Dynastia znów była zjednoczona, lecz bardziej bezsilna niż kiedykolwiek. Znaczna część dóbr dynastycznych została przekazana przez bakufu w ręce wojowników i cesarz musiał znów liczyć przede wszystkim na dobrą wolę Ashikagów. Jeden z cesarzy sam musiał utrzymywać się z sztuki kaligrafii. Niczym do prostego rzemieślnika można było przyjść do Syna Niebios i za odpowiednią opłatą poprosić o skopiowanie jakiegoś pisma. Ciało cesarza Fusahito (pośmiertnie Gotsuchimikado) zmarłego w 1500 roku przez 6 tygodni było nie pogrzebane na skutek braku pieniędzy. Zresztą nie tylko cesarz cierpiał niedostatek. Fatalne rządy Ashikagów, a zwłaszcza Ashikagi Yoshimasy doprowadziły do potwornego zubożenia ludności. Chłopi masowo uciekali ze wsi do miast, wybuchały powstania. W tym czasie cesarz Hikohito (pośmiertnie Gohanazono) pisał do shoguna Yoshimasy:

"Cierpiący ludzie wydzierają sobie paprocie na górze Shouyang
Piece puste, ich bambusowe drzwi zamknięte.
Jest wiosna, drugi już miesiąc
Lecz nie ma radości w wierszu.
Dla kogo rozkwita kolorami ziemia?"

Cesarz rzeczywiście mógł się troszczyć o swoich nominalnych poddanych, ale sam był całkowicie ubezwłasnowolniony. Zdarzało się wprawdzie, że Syn Niebios wydawał jakiś edykt, jednakże dotyczył on zawsze jakiś spraw etycznych. Na przykład napominał poddanych, by prowadzili się bardziej moralnie, zachęcał do doskonalenia się, czasem wskazywał na konieczność nabrania większej wiary etc.

Pozycje podobną politycznie, czyli żadną, miał cesarz w następnych okresach historii Japonii: Azuchi - Momoyama i Edo. Zarówno Oda Nobunaga, jak i Hideyoshi starali się mieć dobre stosunki z dworem. Obydwaj podkreślali szacunek żywiony dla cesarza, nieraz obdarowywali dynastię kosztownymi prezentami. Z kolei dwór starał się rewanżować nadając im kolejne urzędy dworskie dla podkreślenia godności kolejnych dyktatorów Kraju Kwitnącej Wiśni. Nobunaga mniej dbał o nie, ale dla Hideyoshiego, wywodzącego się z nizin społecznych, istotne było każde podkreślenie prawomocności swojej władzy. Między innymi w dokumentach dworskich opisywano go, jako jednego z Tairów, potem zaś Fujiwarów, aż w końcu utworzono specjalnie dla Hideyoshiego nowe nazwisko Toyotomi należące do kuge, czyli rodów dworskich. Między innymi przyjął on stanowisko dajodajina oraz kampaku. Nie otrzymał natomiast tytułu shoguna. Możliwe, iż uznał, że po wyczynach nieudolnych Ashikagów, było ono w danym czasie zupełnie niepopularne. Część historyków wprawdzie przypuszcza, że nie uzyskał go, gdyż był niskiego pochodzenia. Jednak patrząc na fakt uzyskania przez niego tytułu kanclerza i ministra zastrzeżonych wyłącznie dla dawnej arystokracji dworskiej, raczej można przypuszczać, że nie byłaby to dla niego specjalna przeszkoda.

Zdobywszy władzę po bitwie pod Sekigaharą w 1600 roku Ieyasu Tokugawa, wzorem swoich poprzedników, również pielęgnował dobre stosunki z dworem. W 1603 roku cesarz Katahito (pośmiertnie Goyozei) nadał mu tytuł sei-i-tai-shoguna. Fakt ten jednak nie przeszkodził Ieyasu w narzuceniu panującej dynastii ścisłej kontroli. Długofalową zasadą polityki Tokugawów było odsunięcie cesarza i arystokracji dworskiej od wszelkiej władzy. Arystokracji odebrano więc większość dóbr doprowadzając niektórych przedstawicieli starych rodów do stanu względnego ubóstwa. Jednocześnie jednak shogunowie zobowiązali się do dbania o rezydencje cesarskie, grobowce, pałace etc. Ustalono zasadę, że cesarz, ani nikt z dawnej arystokracji dworskiej, nie miał prawa opuszczać Kyoto, a nawet w samym mieście ograniczono możliwości ich poruszania. Zalecono im również zajmowanie się wyłącznie sztukami artystycznymi: poezją, literaturą, kaligrafią. Pamiętając lekcje historii, jak niebezpieczne bywały wystąpienia cesarzy pretendujących do rzeczywistego sprawowania władzy, bądź sojusze rodów dworskich i wojskowych, shogun stworzył specjalny urząd Kyoto-shoshiday. W strukturze władzy należał on do najważniejszych resortów i był obsadzany jedynie przez ludzi najwierniejszych Tokugawom. Kyoto-shoshiday zajmował się funkcjami administracyjnymi w Kyoto, Fushimi, Narze i kilku innych miastach. Przede wszystkim jednak miał za zadanie nadzorować cesarza i jego dwór. Dysponował siecią szpiegów badających, czy ktoś z dynastii lub arystokracji nie zdradza przypadkiem wygórowanych ambicji. Jednym zdaniem: był to nadzór policyjny, mający zdławić w zarodku jakąkolwiek myśl o samodzielności. W kontaktach bezpośrednich z cesarzem jednak zarówno Ieyasu, jak i jego syn Hidetada byli niezwykle grzeczni podkreślając swoją wierność wobec Syna Niebios. Sami udawali się po odbiór nadania tytułu shoguna, choć można zauważyć, że wizyta kolejnych Tokugawów w otoczeniu kilku tysięcy wojowników, mogła raczej wyglądać na demonstrację siły niż uprzejmą wizytę poddanego.

Wszystkie, wyżej przedstawione, działania zmierzały do maksymalizacji kontroli nad cesarzem i dworem. Wprawdzie niektórzy przedstawiciele dynastii oburzali się na takie traktowanie, jednak nie mieli realnej możliwości sprzeciwu. Niekiedy Tokugawowie usiłowali rozwiązywać owe konflikty taktownie. Tak na przykład, by ułagodzić cesarza Kotohito (pośmiertne imię Gomizunoo), syn Ieyasu, shogun Hidetada, oddał mu własną córkę Kazuko za małżonkę. Na jakiś czas problem został rozwiązany, jednakże za następnego shoguna Iemitsu, stosunki bakufu z dworem znów uległy pogorszeniu i cesarz, zniechęcony do zajmowanego stanowiska, abdykował w 1629 roku. Niebiański tron objęła po nim, pierwsza od setek lat kobieta, Okiko (pośmiertnie Meisho) córka Kazuko. Bakufu powoli doprowadziło kontrolę dworu do perfekcji. Przyjazne gesty nie były już specjalnie konieczne. Następni po Iemitsu shogunowie nawet nie odwiedzali cesarza w Kyoto odbierając nadanie urzędu. Wymagali po prostu, by nominacja była przywożona do ich siedziby.