W 1276 roku zaczęto budowę umocnień w obrębie zatoki Hakata. Zbudowano wokół wybrzeża kamienny mur wysoki na 2,10 metra, gruby na 2,80 metra umocniony od strony lądu nasypem. Panowie feudalni z Kiusiu zostali zobowiązani do budowy tego muru. Każdy z nich miał zbudować 30 centymetrów od każdego cho (dawna miara powierzchni wynosząca około 1 hektara) swoich ziem. U ujść rzek postawiono straże. Zbudowano także skromną flotę wojenną.
W 1279 roku chan wysłał swoje ostatnie poselstwo. Zostało one od razu ścięte. Dwór cesarski natomiast nadal zamawiał modlitwy za pomyślność ojczyzny.
Drugi najazd mongolski zakrojony był na dużo większa skalę. Japonia znalazła się w ogromnym niebezpieczeństwie. Tak jak poprzednio armia chana składała się z Mongołów, Chińczyków i Koreańczyków. Inwazja ta miała na celu podbicie i zasiedlenie Japonii. Świadczą o tym liczne narzędzia rolnicze odnalezione na wrakach statków. Flota inwazyjna liczyła około 4000 okrętów na których pokładach znajdowało się około 200 000 wojowników. Armią chana kierował generał Arakhan. Co ciekawe inwazja ta do czasów lądowania aliantów w Normandii 6 czerwca 1944 roku była największym desantem morskim w dziejach świata. Flota inwazyjna została podzielona na dwie części, które miały połączyć się w całość koło wyspy Iki. Na szczęście dla Japonii plan ten nie powiódł się. Jeden z mongolskich dowódców nie usłuchał rozkazu, przez co obie floty wylądowały w zatoce Hakata w odstępstwie kilku dni.
Kiedy pierwsza flota dotarła do celu nie mogła wylądować przez parę dni z powodu zaciekłości obrony japońskiej. Flota więc wycofała się na dwie pobliskie wysepki, skąd zaczęto prowadzić ofensywę trwającą tydzień.
Samuraje wykazali się podczas tych walk wielką dzielnością. Ich waleczne czyny stały się inspiracją dla przyszłych pokoleń. Wojownicy ci wiedzieli, że nie mają szans w walce dystansowej, więc starali się doprowadzać do walki wręcz, gdzie dzięki znakomitym umiejętnością szermierczym i dużo lepszym mieczom bez problemów wygrywali starcia. Wojownicy ci, aby zbliżyć się niepostrzeżenie do wroga budowali z desek prowizoryczne łódki, na których podpływali nocą do zakotwiczonych okrętów wroga. Na pokładzie takich szalup znajdowało się od 10 do 20 samurajów. Po dopłynięciu do wrogiego statku maszt takiej łódeczki służył jako pomost, po którym samuraje dostawali się na pokład. Następnie następowała walka wręcz z załogą okrętu. Po takim zwycięstwie podpalano statek wroga i bezpiecznie odpływano. Samuraje byli bardzo zdeterminowani w tych działaniach. Do dziś zachowała się historia 30 samurajów, którzy nie mając łódki popłynęli wpław do okrętu wroga, który po wycięciu załogi spalono. Kolejnym przykładem męstwa na polu walki jest przykład samuraja o imieniu Kusano Jiro. Wojownik ten razem ze swoją kompanią dokonał brawurowego rajdu na jeden z okrętów chana. Okręt ten zdobyto, a po zabiciu całej załogi spalono. Kusano Jiro dokonał tak walecznego czynu mimo, iż wcześniej stracił rękę w walce. Kono Michiari to kolejny bohaterski samuraj, który zajął dwa statki podczas rajdu, którego dokonał o dziwo w dzień nie zważając na miażdżącą przewagę wroga. Jak zdołał tego dokonać? Użył podstępu. Mongołowie myśleli, że Kono Michiari razem ze swoimi kompanami przyszedł się poddać, więc wpuścili go na statek. By zapobiec tym strasznym wypadom armia chana wieczorami zaczęła rozciągać łańcuchy pomiędzy statkami i ostrzeliwać kamiennymi pociskami wystrzeliwanymi z katapult umieszczonych na pokładach podpływające japońskie łódki.
Z powodu tak zaciekłego oporu pierwsza flota inwazyjna musiała wycofać się do wyspy Iki, gdzie postanowiła czekać na przybycie drugiej. Te dwie floty połączyły się w końcu niedaleko wyspy Tokashima, gdzie rozgorzała wielka bitwa morska. Od tej pory walki z najeźdźcą trwały praktycznie 24 godziny na dobę. Armia chana dzięki wielkiej przewadze liczebnej zmusiła japońskie armie do wycofania się. Dzięki temu flota ta znów mogła zaatakować zatokę Hakata. Te zwycięstwa armii chana kosztowały jednak sporo. Przede wszystkim powoli zaczęło brakować zaopatrzenia. Poza tym wśród żołnierzy wybuchły liczne choroby.
Zrozpaczony cesarz widząc możliwość klęski odbył pielgrzymkę do świątyni w Ise, aby jeszcze raz błagać bogów o pomoc. I taką otrzymał. Wielki tajfun nazwany kamikaze czyli boski wiatr zniszczył niespodziewanie mongolską flotę, kiedy większość żołnierzy spała na pokładach. Na dno poszło wiele okrętów, a około 75% sił inwazyjnych zostało zmuszonych do wycofania się. Większość z tych statków nie dopłynęło do koreańskich portów i zatonęło na pełnym morzu. Tysiące żołnierzy, którzy nie zdołali się w czas ewakuować i pozostało w Japonii zostało w najbliższych dniach zabitych. Druga inwazja trwała 54 długie dni.
O dziwo nie wyciągnięto wielu ważnych lekcji z tych najazdów. Samuraje nie skopiowali żadnej z broni użytej przeciwko nim, ponieważ wierzyli, że ważniejsze jest to jak wojownik potrafi posługiwać się daną bronią a nie opracowywać jej coraz to doskonalsze odmiany.
Najazdy mongolskie były pierwszym zetknięciem się Japończyków z obcą inwazja zbrojną. Do tej pory prowadzenie wojen domowych zawsze dawało zysk jednej ze stron w postaci nowych nabytków terytorialnych. Sytuacja w kraju jaka wynikła po inwazji była tragiczna. Chramy i klasztory buddyjskie domagały się od rządu pieniędzy za wysłuchane przez bogów modły. Także samuraje żądali natarczywie nagród, gdyż nagrody za dzielność w walce np. pieniądze lub nadziały ziemskie była to stara tradycja. Kasa państwowa była jednak pusta.