Okres Muromachi 1338-1573r.

Imperator Go - Daigo był w stanie przywrócić cesarską władzę w Kyoto i obalić Kamakura Bakufu w 1333 r. Jednakże ożywienie starych imperialnych władz w czasie Restauracji Kemmu (1334) nie trwało długo, ponieważ stary system administracji był przestarzały, a niekompetentni urzędnicy nie zyskali poparcia potężnych właścicieli ziemskich.

Ashikaga Takauji, kiedyś walcząc dla imperatora, teraz wyzwał imperialny rząd i odniósł sukces przejmując Kyoto w 1336 r. W konsekwencji Go - Daigo uciekł do Yoshino na południu Kyoto, gdzie założył Południowy Rząd. Równocześnie inny imperator został wyznaczony w Kyoto. Było to możliwe z powodu sporu o sukcesję, który toczył się między dwoma liniami cesarskiej rodziny od śmierci imperatora Go - Saga w 1272 r.

W 1338 r. Takauji został wyznaczony szogunem i założył swoje rządy w Kyoto. Dzielnica Muromachi, gdzie stały rządowe budynki od 1378, dała rządowi i historycznemu okresowi ich nazwy.

Dwa imperialne rządy istniały w Japonii przez 50 lat: Rząd Północny oraz Rząd Południowy. Stoczyły one wiele bitew między sobą. Rząd Północny zwykle był w korzystniejszej pozycji, niemniej jednak, Południowy Rząd odniósł kilka sukcesów, przechwytując Kyoto kilka razy na krótkie okresy czasu, kończące się zniszczeniem kapitału. Rząd Południowy poddał się w końcu w 1392 r. i kraj został znów połączony pod władzą jednego cesarza.

Podczas ery Shoguna Ashikaga Yoshimitsu (1368 - 1408), Szogunat Muromachi był w stanie kontrolować centralne prowincje, ale stopniowo utracił swój wpływ w zewnętrznych regionach. Yoshimitsu ustanowił dobre stosunki handlowe z chińską dynastią Ming. Krajowa produkcja wzrosła dzięki reformom w rolnictwie i nowemu systemowi dziedzictwa. Te ekonomiczne zmiany doprowadziły do rozwoju rynków, kilku rodzajów miast i nowych klas społecznych.

Podczas XV i XVI wieku wpływy szogunów Ashikaga i rządu w Kyoto spadły praktycznie do zera. Nowi władcy okresu Muromachi byli właścicielami ziemskimi, jednocześnie należąc do rodzin wojskowych (ji - samuraje). Dzięki wzajemnej współpracy i konkurencji, niektórzy możni właściciele ziemscy, osiągnęli kontrolę nad całymi prowincjami. Ci nowi feudalni panowie mieli zostać nazwani daimyo. Sprawowali oni faktyczną kontrolę nad różnymi częściami Japonii i ciągle walczyli ze sobą przez wiele dekad skomplikowanego wieku wojen domowych (Jidai Sengoku). Do najpotężniejszych panów należeli Takeda, Uyesugi i Hojo ze wschodu oraz Ouchi, Mori i Hosokawa na zachodzie.

W 1542 pierwszy portugalscy kupcy i Jezuici przybyli na Kyushu przywożąc ze sobą broń palną i chrześcijaństwo. Jezuita Franciszek Xavier założył misję w Kyoto w latach 1549-50. Pomimo sprzeciwu sekt buddyjskich, wielu wielkich daimyo życzliwie patrzyło na nowych przybyszów, głównie z powodów handlowych.

W środkowym okresie XVI wieku, kilka z najpotężniejszych daimyo współzawodniczyło o władzę nad całym krajem. Jednym z nich ich był Oda Nobunaga. To właśnie on wykonał duże kroki na drodze do zjednoczenia Japonii i opanował Kyoto w 1568 r. obalając bakufu Muromachi w 1573 r.